Di atas segalanya salah satu warisan kolonial Portugis yang sangat mengakar di tengah kehidupan masyarakat Kabupaten Sikka pada umumnya dan Pulau Flores pada khususnya adalah agama Katolik.
Pada saat terjadi negosiasi untuk menindaklanuti kesepakatan penjualan wilayah kolonial Portugis di seluruh Pulau Flores, Timor Barat, Solor, Adoara, Alor dan Pantar yang kemudian dikenal dengan nama Tratado Demarcação E Troca De Algumas Possessoes Portuguese E Neerlandezas No Archipelago De Solor E Timor yang artinya Perjanjian Demarkasi Dan Pertukaran Beberapa Kepemilikan Portugis dan Belanda Di Kepulauan Solor dan Timor yang ditandatangani Dom Pedro V dan Mauricio Helderwier tanggal 20 April 1859, Parlemen Belanda menyampaikan keberatannya karena di dalam perjanjian tersebut Portugis tidak memberikan kebebasan kepada Belanda untuk membawa misi Protestan (Zendeling).6
Di lain pihak Portugis tetap pada pendiriannya bahwa agama Katolik yang sudah diperkenalkan kepada masyarakat di Flores dan sekitarnya harus tetap menjadi agama masyarakat (religiao do comunidade). Sebagai gantinya Belanda diberi kekebasan untuk menjalankan misi protestan di wilayah Timor barat dan pulau sekitar. Penyebaran agama Protestan saat ini dapat dilhat dari identitas warga NTT di wilayah Timor barat dari sebagian Timor Tengah Utara, mayoritas Timor Tengah Selatan, Kupang, Sabu, Rote, Sumba dan kepulauan Alor yang mayoritas beragama Protestan.
Sebagai gantinya, dikemukakan oleh Karel Steenbrink dalam Orang-Orang Katolik Di Indonesia, Jilid I, penerbit Ledalero, Maumere, bahwa prinsip bangsa kolonial Portugis saat itu adalah “bendera boleh ganti, tetapi agama tidak boleh diubah. Katolik Roma harus dipertahankan seperti sebelumnya” (O catolicismo Romano deve ser preservado como antes).
Inilah warisan Portugis yang sangat mengakar di kabupaten Sikka pada khususnya dan masyarakat Pulau Flores dan sekitarnya pada umumnya yang saat ini menganut agama Katolik. Sem Português talvez não conheçamos a religião Católica hoje. (tanpa Portugis mungkin kita hari ini tidak mengenal agama Katolik).
